Funkcinė MRT yra pagrįsta padidėjusiu kraujo srautu smegenyse, reaguojant į žievės neuronų aktyvumo padidėjimą veikiant atitinkamam stimului. Smegenų veiklos modeliavimas leidžia mums nustatyti neuronų aktyvacijos sritis, kurios atsiranda reaguojant į stimuliaciją (motorinius, sensorinius ir kitus dirgiklius).