Dažniausios ragenos transplantacijos indikacijos yra pūslinė keratopatija (pseudofakinė, Fukso endotelio distrofija, afakinė), keratokonusas, pakartotinė audinių transplantacija, keratitas (virusinis, bakterinis, grybelinis, akantamebinis, perforacija) ir stromos ragenos distrofija.