Dažniausia indikacijų ragenos transplantacijos - yra pūslinis keratopatija (lęšiuku, endotelio distrofija Fuchs afakicheskaya), keratokonusas, iš naujo-transplantacijos operacijos, keratitas (virusinės, bakterinės, grybelinės, iš Acanthamoeba, perforacijos) ir stromos ragenos distrofija.