Siekiant išskirti polimorfinius DNR regionus, naudojami bakterijų fermentai - restrikcijos fermentai, kurių produktas yra restrikcijos vietos. Spontaninės mutacijos, atsirandančios polimorfinėse vietose, daro jas atsparus arba, atvirkščiai, jautrūs specifinio restrikcijos fermento veikimui.