Visi probiotikai yra suskirstyti į kelias grupes, priklausomai nuo to, kas yra klasifikacijos pagrindas. Probiotikų sudėtyje gali būti keli komponentai, todėl izoliuoti monokomponentiniai preparatai, turintys tik vieną specifinį bakterijų tipą. Šie mikroorganizmai yra neabejotinai naudingi žarnyne, ypač mikroflorai.