Autoimuniniam tiroiditui ir hipotirozei, kai padidėja antikūnų kiekis kraujyje, diagnozuoti naudojamas antikūnų prieš skydliaukės mikrosomas nustatymas. Antikūnai prieš skydliaukės mikrosomas sudaro imuninius kompleksus ląstelių paviršiuje, aktyvina komplementą ir citotoksinius limfocitus, o tai sukelia ląstelių irimą ir uždegiminio proceso susidarymą skydliaukėje.