Skydliaukės mikrosominės frakcijos antikūnų nustatymas naudojamas autoimuniniam tiroiditui ir hipotiroidizmui diagnozuoti, kai padidėja antikūnų kiekis kraujyje. Skydliaukės mikrosomų antikūnai formuoja imuninius kompleksus ant ląstelės paviršiaus, aktyvuoja komplementą ir citotoksinius limfocitus, dėl kurių ląstelių naikinimas ir uždegiminio proceso susidarymas skydliaukėje.