Skausmas kojų pirštų sąnariuose atsiranda sergant sąnarių ligomis. Dažniausios iš jų yra: raiščių ir raumenų, supančių kojų pirštų sąnarius, patempimai, traumos, tam tikro sąnario artritas, osteoartritas, podagra ar reumatoidinis artritas. Kartais stebimos ir kitos ligos, tačiau jos yra daug retesnės.