Alloimmune arba izoimmune, naujagimių neutropenija pasireiškia vaisiui dėl vaisiaus ir motinos neutrofilų antigeninio nesuderinamumo. Motinos izoantitikai priklauso IgG klasei, jie įsiskverbia į placentos barjerą ir sunaikina vaiko neutrofilus. Izo antikūnai paprastai yra leukoagliutininai, jie reaguoja su paciento ir jo tėvo ląstelėmis, nereaguoja su motinos ląstelėmis.