Nustatyti sukėlėją yra labai svarbu patvirtinti pneumocistozės diagnozę. Pagrindinė medžiaga tyrime - skreplių, bronchų sekrete, plovyklos gautų plaunant bronchų ar bronchoalveolinė plovimą, plaučių audinio gabaliukai priimami transbronchial, perkutaninė ar atvira biopsija. Dažniausiai, dėl sunkios paciento būklės, šios manipuliacijos nėra atliekamos, kad būtų išvengta komplikacijų.