Meningokokai yra gramneigiamos sferinės ląstelės, kurių skersmuo yra 0,6–0,8 µm. Iš paciento paimtos medžiagos paruoštuose tepinėliuose jie yra kavos pupelės formos, dažnai išsidėstę poromis ar tetradomis, arba atsitiktinai, dažnai leukocitų viduje – nepilna fagocitozė.