Pacientams be išsivysčiusio smegenų infarkto, norint gauti greitesnį poveikį, heparinas yra skiriamas nuo 2500 iki 5000 vienetų. Dalinis tromboplastino laikas turi būti matuojamas kas 4 valandas, kol indikatorius stabilizuosis. Dėl intrakranijinių hemoraginių komplikacijų pavojaus pacientams, sergantiems infarktais, infuzija prasideda be pradinio boliuso.