Smegenų abscesų gydymas gali būti konservatyvus ir chirurginis. Gydymo metodas visų pirma priklauso nuo absceso vystymosi stadijos, jo dydžio ir lokalizacijos. Encefalito fokuso formavimo stadijoje (anamnezės trukmė - iki 2 savaičių), taip pat su mažais (<3 cm skersmens) abscesais, yra nurodytas konservatyvus gydymas.